双生子实验表明遗传因素在白癜风中起重要作用。利用连锁分析目前已鉴定出至少4个白癜风基因位点，分别称为AIS1(1p31.3-32.2)，AIS2(Chr7),AIS3(Chr8),AIS4（17p）。其中FOXD3可能是AIS1的重要候选基因，SLEV1可能是AIS4的重要候选基因。中国汉族人中发现一个较独特的连锁位点是4q13-21。关联分析表明白癜风和大多数自身免疫性疾病一样，表现为与HLA位点的强关联性，以及与PTPN22，CTLA4的关联性。此外，还有其它一些候选易感基因位点，但结果多难重复。一个位于2p16的的VIT1/FBXO11基因在白癜风中的表达明显异常，但尚未证实其与白癜风发生的病理机制。
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